小麦赤霉病主要引起苗枯、穗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，从幼苗到抽穗都可受害。其中影响最严重是穗腐。苗腐是由种子带菌或土壤中病残体侵染所致。先是芽变褐，然后根冠随之腐烂，轻者病苗黄瘦，重者死亡，枯死苗湿度大时产生粉红色霉状物。
穗腐在小麦扬花时，在小穗和颖片上产生水浸状浅褐色斑，渐扩大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。后期其上产生密集的蓝黑色小颗粒。用手触摸，有突起感觉，不能抹去，籽粒干瘪并伴有白色至粉红色霉。小穗发病后扩展至穗轴，病部枯褐，使被害部以上小穗，形成枯白穗。
防治方法包括选用抗（耐）病品种，适时播种，深耕灭茬，减少菌源，采用配方施肥技术，提高植株抗病力。在始花期，用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液进行喷雾防控2次，间隔5d～7d。也可以使用咪酰胺、氰烯菌酯、多.铜喷雾等药剂防治，需每隔5～7天喷洒一次，连续使用3～4次药剂。防治重点是在小麦扬花期预防穗腐发生，选择渗透性、耐雨水冲刷性和持效性较好的农药，如25%氰烯菌酯悬浮剂、40%戊唑·咪鲜胺水乳剂、28%烯肟·多菌灵可湿性粉剂等，对水30～45公斤细雾喷施。