南瓜果腐病主要侵染即将成熟或贮存的果实。发病初期，果实局部出现不规则形褐色病变，呈现水渍状。随着病情发展，病部表面会生长出白色稍带粉红色的致密霉层。在干燥条件下，病果常变为褐色僵果；而在湿度大的环境下，果实则会腐烂。严重时，腐烂会蔓延至整个果实。
