系统性侵染病害，抽穗后出现典型症状。病果穗短小，不吐花丝，除苞叶外整个果穗都变成一包黑粉，为病菌的冬孢子。黑粉飞散后露出丝状寄主维管束组织。雄穗有时也形成黑粉包，但常常仅个别小穗受害，有时还发现花器变形呈叶片状。病株大多矮小，只有健株的1/3－2/5，偶尔也在剑叶中脉发生条状黑粉堆。
玉米丝黑穗病属苗期侵入的系统侵染性病害。一般在穗期表现典型症状，主要危害雌穗和雄穗。受害严重的植株，在苗期可表现各种症状。幼苗分蘖增多呈丛生形，植株明显矮化，节间缩短，叶片颜色暗绿挺直，农民称此病状是：“个头矮、叶子密、下边粗、上边细、叶子暗、颜色绿、身子还是带弯的。有的品种叶片上出现与叶脉平行的黄白色条斑，有的幼苗心叶紧紧卷在一起弯曲呈鞭状。
玉米丝黑穗病严重影响产量，通过药剂拌种可以减轻发生。
玉米丝黑穗病是在种子发芽时感染病菌，出穗后发病！
苗期症状通常在6—7叶期以后才能明显见到。也有的品种或自交系苗期症状不明显，需到出穗后才可辨认。雄穗受害时，有的整个花序被破坏且变成一个像高梁丝黑穗病一样的黑头；有的雄穗被害后，花器变形增生，颖片增多且延长，整个雄穗呈刺猬状，或只部分花序被害，雄花变成黑粉。果穗被害时，病穗较健穗短，基部膨大而顶端尖，除苞叶外，整个果穗变成一团黑褐色粉末（病菌的厚垣孢子）和很多散乱的黑色丝状物。
玉米丝黑穗病主要症状表现在雌雄穗位上，雌穗感染几乎无产量。