选择5年以上没种过葫芦科作物的田块种植，选用抗病品种，采用高畦栽培，中午高温时不要浇水，严禁浸灌或串灌。可用70%疫毒灵（乙磷铝）可湿性粉剂灌根或喷雾，对疫病防治效果较好。也可用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每株灌根250-300ml，每7-10天1次，连灌3-4次。南瓜进入生长中后期以田间喷雾为主，防止再侵染；田间发现中心病株后，须抓准时机，喷洒与浇灌并举。及时喷洒和浇灌50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液。
