苹果轮纹病的发生和流行与气候、树势和品种等关系密切。高温多雨或降雨早且频繁的年份发病重；管理粗放、挂果过多以及施肥不当，尤其是偏施氮肥的果园发病重；植株衰弱的植株、老弱枝干及老病园内补植的小树均易染病。病菌以菌丝体、分生孢子器及子囊壳在被害枝干上越冬，枝干上越冬的病菌是果实及枝干轮纹病的主要侵染来源。分生孢子主要借风雨飞溅传播，传播范围不超过10米。病菌在苹果果实上具有潜伏侵染性，侵染期长达4个月。病原菌以菌丝体、分生孢子器及子囊壳在被害枝干上越冬，菌丝在枝干病组织中可存活4-5年，春季通过菌丝体直接侵染或通过雨后产生的分生孢子侵染树干，枝干上的病菌为该病电的主要传染源。果实从幼果期至成熟期均可被侵染，但是以幼果期为主，采果前为发病盛期。在果实膨大期之后，病菌均能侵入，其中从7月中旬到8月上旬侵染最多。侵染枝条的病菌，一般从5月份开始从皮孔侵染，并逐步以皮孔为中心形成新病斑，翌年病斑继续扩大，形成病瘤，多个病瘤连成一片则变现为粗皮。在果园，树冠外围的果实及光照好的山坡地，发病早；树冠内膛果，光照不好的果园，果实发病相对较晚。气温高于20℃，相对湿度高于75%或连续降雨，雨量达10mm以上时，有利于病菌繁殖和田问孢子大量散布及侵入，病害严重发生。