玉米顶腐病的防治方法包括：在发病初期使用50%多菌灵可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂、5%菌毒清水剂、72%农用链霉素可溶性粉剂等药剂对心喷雾，扭曲心叶需用刀纵向剖开。同时，利用晴朗天气加快铲趟进度，进行排湿提温，消灭杂草，提高秧苗的抗病能力。进入大喇叭口期后，及时追施氮肥，并叶面喷施微肥和生长调节剂，增强玉米的抗逆能力。对于心叶已扭曲腐烂的较重病株，可用剪刀剪去包裹雄穗以上的叶片，以利于雄穗的正常吐穗，并将剪下的病叶带出田外深埋处理。药剂防治可选用80%代森锰锌600倍液或10%苯醚甲环唑800倍液，用药2次，间隔10-15天。此外，适时排湿提温灭杂草，及时去除病叶，及时施肥等措施也有助于防治玉米顶腐病。