南瓜枯萎病的病原主要以菌丝体和厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬，能在土壤中存活3年，其菌核、厚垣孢子存活能力更强，能抵抗高、低温和干燥环境，即使通过家畜消化道后仍具生活力。采种时厚垣孢子可粘于种子上，播种带病种子，发芽后病原即侵入幼苗。根系的分泌物刺激厚垣孢子萌发，从根毛顶端细胞间或根部伤口侵入，先在细胞内或薄壁细胞间生长后进入维管束，在导管内发育，分泌果胶酶和纤维素酶，破坏细胞，阻塞导管，干扰新陈代谢，致植株萎蔫枯死。病菌从幼根及茎部伤口侵入，到维管束内繁殖蔓延。灌溉、雨水和昆虫都能传播。
