防治西瓜枯萎病最有效的方法是嫁接换根,用葫芦或新土佐等高抗枯萎病的葫芦科作物做砧木嫁接西瓜品种。注意彻底断掉西瓜根,苗子栽植时不使嫁接口部位与土壤接触,将有效防止西瓜枯萎病的发生。同时,实行水旱轮作制和选用抗病品种也是有效的防治措施。