小麦锈病的防治方法主要包括农业防治和药剂防治。在农业防治方面，应选用抗病品种，并合理布局和定期轮换抗源。适期播种，避免过早，以减轻秋苗期条锈病的发生。施足堆肥或腐熟有机肥，增施磷钾肥，合理搭配氮磷钾，增强小麦抗病力。合理灌溉，雨后及时排水，降低田间湿度，后期发病严重时适当灌水以减少产量损失，并清除自生麦。
在药剂防治方面，种子处理可使用15%三唑酮可湿性粉剂或12.5%烯唑醇可湿性粉剂拌种，或用2%戊唑醇湿拌种剂拌种。田间喷药在发病初期进行，可选用20%三唑酮乳油1500倍液或12.5%烯唑醇可湿性粉剂1500倍液。大田防治时，在秋季和早春发现病中心及时喷药控制，如果病叶率达到5%，严重度在10%以下，每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂50克或20%粉锈宁乳油每亩40毫升，或25%粉锈宁可湿性粉剂每亩30克。防治药剂主要以三唑类杀菌剂为主，如氟环唑、戊唑醇、苯甲丙环唑等，特别是戊唑醇在抽穗扬花期防治赤霉病效果较好，安全性较高。