水稻烂秧死苗的主要原因是秧田不平整，水多，播后烂芽。水稻苗期常见病害包括生理性病害和侵染性病害，均可造成水稻烂种、烂芽、死苗。生理性病害主要指水稻生理性烂秧病和营养性障碍，传染性病害主要有疫霉病、立枯病、稻瘟病、恶苗病、绵腐病和腐败病等。生产上低温缺氧易引致发病，寒流、低温阴雨、秧田水深、有机肥未腐熟等条件有利发病。烂种多由贮藏期受潮、浸种不透、换水不勤、催芽温度过高或长时间过低所致。烂芽多因秧田水深缺氧或暴热、高温烫芽等引发。青、黄苗枯一般是由于在三叶左右缺水而造成的，如遇低温袭击，或冷后暴晴则加快秧苗死亡。