大豆菌核病在整个生育期均可发病，造成苗枯、叶腐、荚腐等症状，花期以后发病较重，主要为害茎杆。田间多见植株上部叶片萎蔫变褐枯死，系由茎部受害引起。病株茎部断续发生褐色病斑，上生白色棉絮状菌丝体和白色颗粒状物，后变黑色成为菌核。剖开病株茎部可见有黑色鼠粪状或圆柱状的菌核。病株枯死后呈灰白色，茎中空，皮层腐烂呈麻丝关，病株外部的菌核易脱落。荚上病斑褐色，迅速枯死不能结粒，最后全荚呈苍白色。轻病荚虽可结粒，但豆粒易腐烂或干缩皱瘪。
大豆菌核病主要侵染大豆茎部。田间以植株上部叶片褐枯死最先引人注意。这时病株的茎部已断续发生褐色病斑，上生白色棉絮状菌丝体及白色颗粒状物，后变黑色成为菌核。纵剖病株茎部，则见内有黑色圆柱形的菌核依次排列。病株枯死后呈灰白色，茎中空皮层往往烂成麻丝状，病株外部菌核易脱落。荚上病斑褐色，迅速枯死不能结荚，最后全荚呈苍白色，轻病荚虽可结粒，但病粒腐烂或干缩皱瘪。
大豆菌核病菌属子囊菌亚门，核盘菌属。茎上形成的菌核圆柱形或鼠粪状，不规则形。外部黑色，内部白色，切面呈薄壁组织状。菌核在多雨、潮湿并有光照条件下才能萌发形成子囊盘。