选用抗耐病品种，尽量选用抗病或中抗品种。用专用包衣剂或拌种剂处理种子有一定的防治效果。剥除病叶，在心叶期和心叶末期，分两次摘除下部病叶，每次2片，会对纹枯病有一定防效。重病田可在玉米生长中期在茎基喷施药剂，间隔7～10天1次。适合药剂有：多井悬浮液、菌核净、井冈霉素、退菌特等。防治纹枯病的最有效时期在灌浆初期，利用井冈霉素平均防效可达75%左右。若在该时期先剥除病叶，再用井岗霉素加以保秆，其防效可达94%。
选择抗病能力较强的品种作为种植对象，种植前清除田间的病原并及时深翻以消除病残体及菌核。于发病初期用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂（500倍液）、50%多菌灵可湿性粉剂（600倍液）、50%苯菌灵可湿性粉剂（1500倍液）等药物进行喷施，喷施重点为玉米的基部，以保护叶鞘。
采用化学防治与农业措施相结合的综合防治；根据当地气候种植抗病性强的品种；增施有机肥，采用配方施肥，合理施用氮磷钾肥，提高玉米的抗病能力；及时清除田边杂草，遇雨排渍，有利于控制病虫害发生；防治药剂选用戊唑醇、井冈霉素等。