番茄枯萎病病菌以菌丝体或厚垣孢子随病残体在土壤中越冬。病菌通过带菌的土壤和流水传播侵染，从番茄根部和茎部的伤口侵入，然后在维管束中扩散蔓延。本病由尖镰孢真菌番茄专化型侵染引起，病菌随病残体在土壤中或附着在种子上，从幼根或伤口侵入寄主，进入维管束后堵塞导管，并产生有毒物质致叶片枯黄，植株凋萎。高温、高湿、连作大棚发病较重。土壤黏重、板结、透气性差、有根结线虫为害时发病重。酸性土壤，土温28℃左右最适于病害发生。番茄连作重茬，移栽或中耕时伤根多，雨后积水，植株生长不良，根结线虫为害造成伤口利于本病发生。土温21℃以下或33℃以上病情发展缓慢。