南瓜根腐病主要为害根及茎部，初期出现水浸状，茎缢缩不明显，病部腐烂处的维管束变褐；后期病部往往变糟，仅留下维管束。病株地上部初期症状不明显，后期叶片中午萎蔫，早晚尚能恢复，严重的则多数不能恢复而枯死。幼苗地表以下的根颈变褐腐烂，但不溢缩，病部维管束变褐，但不向上发展。南瓜根腐病以前常在幼苗期发病，近几年在幼苗期、开花期、结果期陆续发生，甚至在南瓜结果成熟期，南瓜根颈逐渐变褐腐烂死亡，严重影响南瓜产量和品质。
萝卜根腐病是一种真菌引起的病，该病会造成根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，最后全株死亡，主要表现为整株叶片发黄、枯萎。土壤中都会存在大量菌体，对植物有益的能够促进土壤活性的为有益菌，依附在植株表面吸取营养的为有害菌。有害菌体在土壤连作的过程中会不断繁殖，造成土壤中病菌过多，严重威胁了植株幼苗的生长。