辣椒病毒病主要危害高山辣椒叶片，常见症状包括花叶、黄化、坏死、顶枯和畸形等。花叶分为轻型花叶和重型花叶两种类型。轻型花叶病叶初现明脉轻微褪绿，或现浓、淡绿相间的斑驳，病株无明显畸形或矮化，不造成落叶；重型花叶除表现褪绿斑驳外，叶面凹凸不平，叶脉皱缩畸形，或形成线形叶，生长缓慢，果实变小，严重矮化。黄化表现为病叶明显变黄，出现落叶现象。坏死表现为病株部分组织变褐坏死，形成条斑、顶枯、坏死斑驳及环斑等。畸形表现为病株变形，如叶片变成线状（蕨叶），或植株矮小，分枝极多，呈丛枝状。有时几种症状同在一株上出现，或引起落叶、落花、落果，严重影响辣椒的产量和品质。