对于穿孔病的防治，首先加强栽培管理，增强树体的抗病能力。越冬休眠期间，结合冬剪剪除病枝，彻底清理果园，扫除落叶烧毁。樱桃树发芽前，喷布一次4～5波美度石硫合剂，消灭越冬菌源。发病期间，根据降雨早晚和降雨量的多少，在谢花后至采果前，喷洒2～3次70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液，或农用链霉素200单位，或80%大生800倍液。采果后，喷布2～3次1∶1∶180～200倍波尔多液。冬季剪除病枝集中烧毁。对不能剪除的病枝，应用0．2%升汞水800毫升、95%酒精200毫升及甘油200毫升的混合液涂刷消毒。生长期及时修剪，使树体通风透光。对容易积水,树势偏旺的果园要注意排水。修剪时疏除密生枝、下垂枝、拖地枝,改善通风透光条件。增施有机肥料，避免偏施氮肥，提高抗病能力。
