大棚圣女果定植前15-20天施基肥，每亩施腐熟有机肥2500公斤，或鸡粪干2000公斤、钙镁磷肥50公斤、硫酸钾15公斤，混匀撒施地面翻耕、耙平。定植时施入生物菌肥中耕，促使根系发达。催苗肥在定植后5-7天结合淡水施用，每亩施尿素5公斤。
盛果期追肥，第一穗果膨大至大拇指大或乒乓球大时，每亩施氮12.5公斤。在土壤温度、湿度合适的情况下，可将基地溶于水池中，随浇水追肥、浇水同时进行。施肥后植株生长迅速，一般10天左右采用1次肥。第三穗果采摘时，第四穗果正开始膨大，此时需肥较多，每亩施30%沼液肥3000公斤，或尿素15公斤、硫酸铜7.5公斤、硫酸锌11.25公斤，保持植株生长旺盛。
除土壤施肥外，盛果期叶面喷肥应结合喷药防病进行。叶面喷肥可喷施0.3%磷酸二氢钾、0.5%尿素、0.1%硼砂、0.1%硫酸锌混合液，5-7天喷1次。早上喷施，均匀喷于叶背和叶面，不重喷不漏喷。追肥注意根据植株长势确定，生长旺盛的可适当减少施肥量甚至不施，长势较弱的应适当增加施肥量。