胡萝卜菌核病的防治方法包括避免用发病植株的果实留种，播种前种子应过筛，除去混于其中的菌核；倒茬轮作；及时清除病残体；加强栽培管理。发病初期，可用化学药剂喷雾防治，每5-7天喷1次，连喷2-3次。重病区或重病地与禾本科作物进行3年以上轮作，有条件的采用土壤淹水，以杀核。装运胡萝卜的器具应消毒，入窖前剔除有病肉质根。窖温应控制在13℃上下，相对湿度80%左右，防止窖顶滴水和受冻。必要时喷洒50%扑海因可湿性粉剂1500倍液或50%速克灵可湿性粉剂2000倍液，也可用特克多烟剂，每100立方米用量50克或15%腐霉利烟剂每100立方米60克熏烟，隔10天左右再熏一次。发病初期，可选用40%菌核净可湿性粉剂800倍液、50%氯硝铵可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、70%菌普力800倍液、50%速克灵可湿性粉剂1000倍液、5%井冈霉素水剂1500倍液、20%甲基立枯磷乳油1500倍液、50%腐霉利可湿性粉剂1000倍液、50%扑海因1000倍液、50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液、50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液、50%托布津500倍液、70%艾菌托800倍液、40%速克灵500倍液喷雾或灌根防治，每5-7天喷1次，连喷2-3次。