玉米播种后，土壤、粪肥和种子上的冬孢子在适宜条件下萌发，产生侵入丝直接攻击幼芽的分生组织，最终形成黑穗。这一时期是从种子破口露出白尖到幼芽生长至1—2厘米时。幼芽出土期间的土壤温湿度、播种深度、出苗速度及土壤中病菌含量与玉米丝黑穗病的发生程度密切相关。连年重茬连作导致土壤菌源量积累，使得病害逐年加重。
