甜瓜枯萎病在整个生育期均可发生，尤其在开花到结果期最为严重。播种后出土前发病可能导致烂种。幼苗发病时，须根减少，叶片皱缩、枯萎发黄，最终倒伏枯死，茎基呈淡黄色。成株期发病，病株生长缓慢，叶片自下而上逐渐萎蔫，中午尤为明显。茎基部出现黄绿色浸状长条形病斑，上生白霉，后期条斑颜色加深，常纵裂并分泌黄色胶状物，潮湿时病斑上可生白色至粉红色霉。切断茎部可见维管束变褐，这是该病的重要特征。前期白天萎蔫夜间恢复，随病情发展，植株早晚不能恢复，并很快枯死。病株容易拔起，有的病株根呈褐色，皮层与木质部易剥离，其维管束变为褐色。发病高峰期在植株开花至坐果期。发病初期，植株叶片从基部向顶端逐渐萎蔫，中午明显，开始早晚可以恢复，几天后植株全部叶片萎蔫下垂，不再恢复；茎蔓基部稍缢缩，表皮粗糙，常有纵裂；潮湿时根茎部呈水渍状腐烂，表面常产生白色或粉红色霉状物。病株根变褐色，易拔起，皮层与木质部易剥离，维管束变褐色。