水稻细菌性条斑病是一种难以治愈的细菌性病害，因此加强预防措施和药剂保护至关重要。防治措施包括选用干净水源，如自来水，以减少水中细菌；喷药防治时先喷发病轻的地块，最后喷发病重的地块，尽量减少器械磨损叶片；用药时配以芸苔素等调节剂，调节作物生长，增强植株抗病性。
在具体防治方法上，一是及时封锁发病中心，发现零星病株或初见发病中心，要立即喷药封锁，并在天气条件有利于发病时进行全田防治，对周边田块喷药保护。二是科学施药，可选用噻唑锌、噻森铜、噻菌铜、氯溴异氰尿酸、三氯异氰尿酸、解淀粉芽孢杆菌等药，在露水干后进行喷雾，每隔5～7天喷1次，连续防治2～3次，并交替选用农药。喷药后遇雨要及时补治。三是加强肥水管理，做好健身栽培，配方施肥，浅水勤灌，杜绝串灌、漫灌，避免病田水流向非病田。四是严格检疫措施，植物检疫机构要严格产地检疫，严禁发病田留种，发病区的稻种、稻谷，须检疫合格后方可调出。