水稻恶苗病是由串珠镰孢真菌引起的，该病菌属于半知菌亚门真菌。主要通过种子和土壤传播，也可通过田间病株传播。病原菌在种子萌发时侵入幼苗，抑制种子发芽或引起苗枯。病苗生长过速，叶鞘拉长，植株细高，呈淡黄绿色。根系发育不良，根毛减少，部分病苗在移栽前会枯死。枯死苗靠近地表处有淡红或白色霉粉状物，即病原菌的分生孢子。大田移栽后的病株症状与苗期相似，但分蘖少或不分蘖，节间显著伸长，节部常弯曲露出叶鞘之外，生有许多倒生的不定根，剥开叶鞘，茎秆上有暗褐色条斑。剖开病茎，可见白色丝状菌丝体，后期还可见到橙红色霉状物。病株多数不抽穗，于孕穗期枯死，个别抽穗的穗小、粒少或形成不实粒。恶苗病的病原菌属于兼性寄生菌，易从伤口侵入，种子带菌率与病害发生关系密切，催芽播种较直播更易发病，土温超过35℃时发病严重且快，施用未腐熟有机肥的田块发病重。病害潜伏侵染，病源不易追溯，但病毒在细菌内增殖，细菌和真菌在一定条件下又能产毒致病。
防治恶苗病主要通过选用无病种子，加强种子管理，催芽时掌握好温度，不宜太高，并注意田间卫生，改善栽培条件，控制地下害虫，减少植株伤口。浸种时采取消毒处里，秧田或大田中看到有恶苗病株及时摘除。一般情况下，恶苗病发生轻微，不用施药。