防治西瓜枯萎病应选用抗病品种与种子处理，实行轮作与加强栽培管理，土壤处理与药剂预防相结合。首先进行种子处理，然后实行轮作，进行土壤处理，并加强栽培管理，追施肥料时避免伤根，合理搭配氮、磷、钾肥或施用瓜类专用肥，叶面喷施微肥以增强植株抗病性。合理整枝打杈，减少伤口以防止土壤中病菌侵入。使用多菌灵、噻菌酮等药物进行淋根喷雾。在发病前或发病初期，可用10%治萎灵水剂300倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液灌根，每株灌药液0.3~0.5升，隔10天后再灌一次，连续防治2~3次。