番茄脐腐病主要原因是缺钙导致。土壤中缺素或植株根系生长不良吸收不上营养引起。番茄因缺钙出现的脐腐病很常见，缺钙情况下植株吸收不到充足钙素，引起自身脐部细胞代谢紊乱，控制水分能力丧失，形成脐腐病。当田间过于干旱时，番茄生长过程中吸收不到充足水分，根系吸收能力减弱，传输营养受挫，造成脐腐。如果大量供水，由于蒂部细胞膨压过大会导致细胞破裂，细胞内充水，最后怀死。干旱、多水、缺钙、低温都可导致番茄脐部病害。
