番茄溃疡病是细菌性病害，防治方法包括选用抗病品种、种子消毒、合理轮作、加强田间管理以及药物防治。具体措施如下：
1.种子处理：购买经过检疫的种子或在健康株上采种，播种前进行种子消毒处理。
2.苗床处理：使用新苗床育苗，如用旧苗床，需每平方米苗床用40%甲醛30毫升喷洒，盖膜4-5天后揭膜，晾15天后播种。
3.田间管理：合理轮作，与非茄科蔬菜实行3年以上的轮作，减少田间病菌数量。发病初期及时整枝打杈，摘除病叶、老叶，收获后清洁田园，清除病残体，并带出田外深埋或烧毁。
4.药物防治：发病初期用14%络氨铜水剂300倍液、硫酸链霉素及72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液对水60千克全田喷洒，7天1次，共喷2-3次。病害发生严重时，可用77%可杀得可湿性粉剂300倍液或硫酸链霉素及72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂2000倍液对水60千克灌根，每667平方米约用300千克药液。7天灌根1次，共灌2～3次。
此外，每年9～10月，在动物背部一次性泼淋药物，如牛蝇净、蝇敌合剂、倍硫磷背泼制剂、亚胺硫磷背泼制剂或阿维菌素和伊维菌素浇泼剂，也可有效预防本病。
在保护地种植的地方，可用烟剂进行熏烟处理。发病初期及时摘除病叶、枝、芽和带病的花蕾，然后喷洒50%代森铵800～1000倍液。喷药重点除患部外，还有土壤表面。每隔15天左右喷一次，连续喷2～3次，即能取得良好防治效果。