冬瓜应贮藏在恒温恒湿的冷库中，以保鲜更久。常温下贮藏时，最好整瓜保存，切开了容易坏。冬瓜喜温耐热，属冷敏性蔬菜，贮藏适宜条件为温度10-15℃，相对湿度70-75%，且通风良好。在此条件下，可保存数月。冬瓜不耐低温贮藏，低于10℃会发生冷害。但贮藏温度过高，呼吸速率加快，组织迅速松软，病原菌繁殖迅速，贮存期不长。完整的冬瓜，不采取任何措施，常温室内保存也可以放置很长时间。
