大豆菌核病主要危害地上部，苗期和成株均可发病，花期受害最为严重，导致苗枯、叶腐、茎腐、荚腐等症状。苗期染病时，茎基部褐变，呈水渍状，湿度大时会长出棉絮状白色菌丝，随后病部干缩呈黄褐色枯死，表皮撕裂状。叶片染病通常始于植株下部，初期叶面出现暗绿色水浸状斑，后扩展为圆形至不规则形，病斑中心灰褐色，四周暗褐色，外有黄色晕圈。茎部染病时，发生褐色病斑，上生白色棉絮状菌丝体及白色颗粒状物，后变黑色成为菌核，病株枯死后呈灰白色，茎中空皮层往往成麻丝状，病株外部的菌核易脱落。
