西瓜枯萎病菌为半知菌丛梗孢目镰刀菌属中的真菌。病菌在土或粪肥中的病残体上越冬，也可附着在种子表面越冬，生活能力很强，可在土壤中存活5-6年。种子、粪肥和水流等都能带菌传播。病菌从根部伤口或根毛侵入，在导管内发育，分泌毒素，堵塞导管，影响水分运输，引起植株萎蔫死亡。西瓜青枯病的发病规律是病菌从根顶端附近的细胞间隙侵入，边增殖边到达中心柱产生毒素，堵塞导管，破坏根组织，阻碍水分通过。连续降雨后，天气晴朗，气温迅速上升时，发病迅速。
