菌丝丝状，有分隔，生长在寄主细胞间隙中，用吸器吸取小麦细胞内养料，在病部产生孢子堆。夏孢子单胞球形，鲜黄色，表面有细刺，大小(32~40)×22~29(um)，有发芽孔6~12个。冬孢子双胞，棍棒形，顶部扁平或斜切，分隔处略缢缩，大小36~68×12~20(um)，柄短。该菌致病性有生理分化现象，中国已发现29个生理小种，分别为条中1一29号，条锈菌生理小种很易产生变异。
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