水稻感染恶苗病通常由带菌种子引起,土温在30~35℃时易发病,伤口有利于病菌侵入。旱育秧比水育秧发病重,增施氮肥会刺激病害发展,施用未腐熟有机肥也会加重病情。在育苗过程中,若灌水不及时导致缺水受旱,水秧苗受损也会为恶苗病的发生创造条件。此外,未经药剂处理的种子和抗病性较低的品种也易发病。