发病初期开始喷药或病轻时每隔7-10天喷一次，病重时每隔4-7天喷一次，连喷3-4次。可喷40%复方代森锰锌胶悬剂400倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂600-700倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。防治甜瓜蔓枯病要做到喷洒、灌根、涂茎相结合。发病初期用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液、或25%培福朗水剂800倍液、或40%多硫悬浮剂500倍液、或20%利克菌可湿性粉剂1000倍液、或40%拌种双粉剂悬浮液500倍液、或24.9%待克利乳油3000倍液等喷雾防治，间隔7-10天1次，连续2-3次。重点喷洒植株中下部。或选用以上药剂灌根，每穴灌药250-300毫升。病害严重时，可用上述药剂使用量加倍调成糊状后涂抹发病茎。亦可用熏烟防治，每亩的日光温室用45%百菌清烟剂80-100克，7-10天一次，连续熏烟2-3次。