第一，种子处理。选用无病种子，或用55℃温水浸种20分钟灭菌。第二，农业防治。加强肥水管理，避免使用未腐熟的肥料，及时整枝、打杈；选择在晴好天气进行植株管理，促进伤口尽快愈合，避免阴雨天或露水未干之前整枝，发现病果、病株及时清理并销毁；及时防治蛀果害虫，减少虫伤。第三，化学防治。发病初期喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，77%氢氧化铜可湿性微粒粉剂500倍液，25%络氨铜水剂500倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，8～10天喷1次，连喷2～3次。西红棉软腐病应在发病初期用硫酸铜钙，春雷霉素等药剂进行预防。