小麦赤霉病是小麦非常严重的病害之一，从小麦幼苗至抽穗都可以发生，引起苗枯、茎腐和穗腐，尤以穗腐发生普遍和严重。小麦穗腐始于开花后，表现为小穗和颖壳初变褐色后转灰白色，潮湿时颖壳缝和小穗基部先现粉红色霉层，后现针头大蓝黑色小粒，而后导致小麦病穗籽粒干瘪。
气温在25~30℃之间、湿度在80%左右是小麦赤霉病高发期。如早春气温回升快，雨水足，稻桩中病菌子囊壳形成早而多，菌源数量大，加之小麦抽穗扬花期又遇上连续阴雨天气，在菌源、天气、寄主生育期三者相吻合的条件下，则病害（穗腐）会大流行。
防治小麦赤霉病应采取“预防为主、主动出击、统筹兼顾、总体防治”的防控策略，坚持“适期防治、见花施药”的防控要点。可以使用多菌灵、烯唑醇、咪酰胺、克百菌等农药品种防治，也可以施加磷酸二氢钾溶液、腐殖微酸肥等元素药剂同时防治伴生病症。防治小麦赤霉病要注意选用渗透性、持效性较好的农药，并且药剂应当耐雨水冲刷，一般每亩使用10%思科50g或50%多菌灵可湿粉剂75g兑水20-30千克，进行喷雾。
此外，消灭越冬菌源清除田间稻麦桩、玉米秸杆等病残体；并结合防治黑穗病等进行播前种子消毒。选择抗病品种，种子消毒适当选咪酰胺等化防。