苹果树最常见的病害有：斑点落叶病、腐烂病、轮纹病、病毒性缩果病、花脸病、花叶病等病害。
一、轮纹病：主要为害枝干和果实。枝干发病又叫“粗皮病”，防治时，休眠可结合腐烂病，干腐病，刮皮后喷3—5度“石硫合剂”或“成标”，用“可杀得2000”500—600倍抹伤口，进行保护治疗。果实生长期，在苹果谢花后7—10天，即苹果茸毛未脱落前，此时轮纹病菌借风雨开始浸染果实，可喷施“云生”800—1000倍，5月中旬苹果茸毛开始脱落使用内吸性杀菌剂“云生+金云大-120”进行预防病害浸染及减轻生理性“缩果”病害，使用“金云大-120+美施乐”还可以用来防治霜冻，霜冻前1天喷施。
二、斑点落叶病：此病又称褐纹病，主要为害叶片，还可为害叶柄，一年生枝条和果实，叶片染病初现褐色圆形病斑，以后病斑逐渐增大或扩大，边缘紫褐色，中央常具深色小点或同心轮纹。其中包括苹果褐斑病、灰斑病、圆斑病、轮纹病、白星病叶等。大部分地区以褐斑病发生最重最普遍，5月中旬叶展后开始发生，6—8月后为害盛期，降雨多此病发生较重，严重时7月中下旬即开始落叶，8月中旬即可落去一大半，有效药剂首选“云生+好力克”或“可杀得2000”、“甲基硫菌灵”。
三、炭疽病：又称“苦腐病”“晚腐病”，主要危害果实，果实染病初期，在果面出现针头大小的圆形小斑，边缘清晰，病斑渐大，呈漏斗状深入果肉，果肉变褐，腐烂，具苦味，最后表皮下陷，首选药剂“好力克”或“灰即定+云生”“百菌清”等，用药时机为落花后半月用药。
四、蚜虫类：苹果绵蚜、黄蚜、瘤蚜等成若虫群集芽叶和果实上刺吸汁液，至受害幼叶现红斑，叶缘向背面卷缩，变黑褐干枯，幼果被害时果面出现红凹斑，严重的畸形。有效药剂为“镇蚜”或“云大啶虫脒”微乳剂，“尽胜”等。
五、害螨类：全爪螨、红蜘蛛、二斑叶螨（白蜘蛛）的山楂叶螨：成、若幼螨刺吸芽叶、果汁液，叶受害呈现失绿，小斑点，渐扩大连片，严重时全叶片苍白枯焦早落，常造成二次发芽，开花，削弱树势，不仅当年果实不能正常成熟，还影响花芽形成和下年产量，首选药剂“平螨、除尽，阿维菌素类”。
六、桃小食心虫：为害苹果、梨、枣较重，为害苹果等幼虫由果实胸部蛀入，蛀孔流出泪状果胶，俗称“淌眼泪”不久干涸呈白色蜡质状粉末，蛀孔俞合成一小黑点凹陷。幼虫入果常直达果心，并在果肉中乱窜，排粪于隧道中，俗称“豆沙陷”没有充分膨大的幼果，受害多呈畸形，俗称“猴头果”，有效药剂：安治、蛾宁、尽胜+高效灭百可。