稻曲病是水稻穗期的重要病害之一，近年来在华南、东北稻区呈明显上升趋势。稻曲病除造成产量损失外，病菌产生的毒素还污染稻米，危及人畜健康。
水稻出穗后17-21天为病菌侵染的关键时期，病菌侵染的适宜温度为24-32℃，26-28℃最适，低于12℃或高于36℃不能生长，34℃以上侵染明显受阻。低温延缓水稻抽穗速度，增加了发病机会，降雨也有利于病菌孢子萌发和侵入。
秧苗期是稻曲病侵染的重要时期，至穗期病粒显症。病菌在孕穗期由叶片叶鞘缝隙侵入花器及颖壳。水稻抽穗扬花期遇雨及低温则发病重。抽穗早的品种发病较轻。施氮过量或穗肥过重加重病害发生。连作地块发病重。
叶鞘腐败病主要在孕穗期发生，主要为害剑叶叶鞘和叶片。受害叶鞘及叶片初期症状不明显，后期叶鞘特别是包裹剑叶的叶鞘出现深褐色斑块。病菌在病种子和病残体内越冬，明年成为初侵染源。早稻和晚稻在不同季节发病，抽穗期遇雨和高温高湿天气发病重。
水稻基腐病属细菌性病害，主要发生在水稻分蘖期至成熟期。发病植株根节部腐烂，有恶臭味，植株矮缩不长，根系变黑甚至腐烂。病株叶片自上而下渐黄，根节有褐色坏死斑，心叶枯黄卷缩易拔起。稻株一旦感染，病菌迅速浸染蔓延全株，最终植株枯死，导致水稻产量下降或绝收。
水稻细菌性条斑病为水稻细菌性病害，主要侵染叶片，病斑初为暗绿色水渍状半透明小斑点，后沿叶脉扩展形成暗绿色至黄褐色纤细菌细条斑。条斑可连成长斑块后，病部质脆易折断，严重时病斑扩张，叶片卷曲，田间呈现黄白色。暴雨、台风和洪涝灾害后易使水稻叶片受伤，利于病菌从伤口侵入，高温高湿天气易暴发该病。