棉花主要病害有根腐病、立枯病、炭疽病、枯萎病、黄萎病、红腐病、叶斑病，主要虫害有棉铃虫、棉蚜、棉蓟马、盲蝽蟓、棉叶螨、甜菜夜蛾、红铃虫。其中苗期以立枯、炭疽、猝倒病为主，辽宁发生的主要是根腐病类，包括立枯病、炭疽病和红腐病。
