轮作倒茬，与葱蒜类实行轮作，无病土培育壮苗。施腐熟有机肥；从无病地或无病株上采种，播种前晒种，并用新高脂膜拌种能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。加强管理，适时中耕除草，增施磷钾肥，科学浇水，杜绝大水漫灌，造成畦内积水。并适时喷施新高脂膜形成一层保护膜，防止病菌借伤口侵入，同时在芹菜生长阶段喷施壮茎灵，可使植物杆茎粗壮、叶片肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛，天然品味浓。选择抗性强品种，合理密植，做好水肥管理工作，按时施肥施药，针对性选择药物。实行3年轮作，不与易发生菌核病的蔬菜作物接茬种植；收获后清洁田园，及时深翻，施足有机肥，控制氮肥，增施磷、钾肥，以增强植株抗病性；浇水浸泡土壤7-10天，或高温闷棚10天，可杀死部分苗核；合理密植，改善通风透光条件，加强保护地放风，以减少湿度；及时清除下部老叶、病残株；推广应用无滴膜，减少棚室因水滴造成发病中心。