黄瓜全生育期均可发生黑星病，主要危害生长点、嫩叶、嫩茎和幼瓜。幼苗发病时，子叶出现黄白色近圆形病斑，严重时心叶枯萎，形成秃头苗。成株生长点被害形成秃桩。嫩叶染病，叶面呈现近圆形褪绿小斑点，扩大为2~5毫米近圆形或不规则形病斑，淡黄褐色，后期多呈星状开裂，病叶多皱缩。
茎、卷须、叶柄、果柄上的病斑长梭形，黄褐色，稍凹陷，易龟裂，潮湿时表面生灰黑色霉层。幼苗染病，真叶较子叶敏感，子叶上产生黄白色近圆形斑，发展后引致全叶干枯。嫩茎染病，初现水渍状暗绿色梭形斑，后变暗色，凹陷龟裂，湿度大时长出灰黑色霉层。卷须染病则变褐腐烂。生长点染病，经两三天烂掉形成秃桩。
叶片染病，初为污绿色近圆形斑点，穿孔后，孔的边缘不整齐略皱，且具黄晕。叶柄、瓜蔓被害，病部中间凹陷，形成疮痂状，表面生灰黑色霉层。瓜条染病，初流胶，渐扩大为暗绿色凹陷斑，表面长出灰黑色霉层，致病部呈疮痂状，病部停止生长，形成畸形瓜。黑星病瓜条弯曲，潮湿时病部产生黑色霉层。