巴戟天全年均可进行收获，但以秋冬季采收为佳。过早收获，根不够老熟，产量和质量都不符合要求（三次根尚未形成，肉浅紫且薄），而超过7年又因藤蔓缓慢生长限制了根部的生长。挖取肉质根时避免断根和伤根皮，起挖后随即抖去泥土。
