选用抗病品种,如南方稻区的广二104,选271,汕优36,扬稻3号,滇粳40号等,北方稻区有京稻选1号,沈农514,丰锦,辽粳10号等发病轻。避免病田留种,深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。施足基肥,并配方施肥,在水稻破口前一星期使用康达戊唑醇悬浮剂均匀喷雾,对水稻稻曲病具有防治作用。