水稻黑条矮缩病在水稻整个生长期内都可能发生，发病越早，危害越大，最终严重影响水稻产量。秧田期，感病秧苗叶片僵硬直立，叶色墨绿，根系短而少，生长发育停滞。水稻分蘖期，感病植株明显矮缩，部分植株早枯死亡。水稻拔节时期，感病植株严重矮缩，高位分蘖、茎节倒生有不定根，茎秆基部表面有纵向瘤状乳白色凸起。穗期，植株严重矮缩，不抽穗或抽包颈穗，穗小颗粒少，直接影响水稻产量。该病可导致水稻苗矮缩，生长缓慢，发病植株绝大部分不能正常抽穗，造成严重减产。一般发病田的产量损失为10%~40%，重病田绝产。
