1、传播方式不同，玉米丝黑穗病是土传病害，即只能通过带菌土壤传播，而瘤黑粉病则不仅可以通过土壤传播而且也可以通过气流传播。2、感病时期不同，玉米丝黑穗病只在幼苗期感病，即5叶前感病，5叶以后不再感染此病，而玉米瘤黑粉病在玉米的整个生育期都可以感染此病。3、危害部位不同，玉米丝黑穗病只危害玉米的雌雄穗，而玉米瘤黑粉病则在玉米全株的各个器官都可以受到危害。4、黑粉苞的内部表现症状不同，玉米丝黑穗病的黑粉苞内有明显的丝状物，而瘤黑粉病的黑粉苞内无丝状物。
