番茄软腐病主要为害果实和茎。茎部染病，主要从整枝打杈造成的伤口侵染，严重的髓部腐烂，失水后病组织干缩中空，病部维管束完整，病茎上端枝叶萎蔫，叶色变黄。果实染病保持完整，果肉腐烂，具恶臭，是番茄软腐病的特征之一。为害茎秆，也为害果实。茎部多从整枝伤口处开始，继而向内部延伸，最后髓部腐烂，有恶臭，失水后，病茎中空。果实被害果皮完整，内部果肉溃烂，汁液外溢，有恶臭。
