主要以菌丝体在病残株上(病叶为主)越冬，分生孢子也可越冬，但存活率低。玉米小斑病的初侵染菌源主要是上年收获后遗落在田间或玉米秸秆堆中的病残株，其次是带病种子，从外地引种时，有可能引入致病力强的小种而造成损失。玉米生长季节内，遇到适宜温、湿度，越冬菌源产生分生孢子，传播到玉米植株上，在叶面有水膜条件下萌发侵入寄主，遇到适宜发病的温、湿度条件，经5/7天即可重新产生新的分生孢子进行再侵染，这样经过多次反复再侵染造成病害流行。在田间，最初在植株下部叶片发病，向周围植株传播扩散(水平扩展)，病株率达一定数量后，向植株上部叶片扩展(垂直扩展)。自然条件下，还侵染高梁。
玉米小斑病自苗期到后期都可发生。自下部叶片开始，出现褐色半透明水渍状小斑，逐渐向上蔓延，以玉米抽穗时最多。病斑扩大后呈黄褐色纺锤形或椭圆形，边缘常有赤褐色晕纹。后期严重时，叶片枯死。在潮湿时病斑上产生黑色绒毛状物。
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