小麦条锈病的防治方法包括农业防治、药剂防治、合理轮作和选择抗性品种。首先，指导麦区合理布局小麦品种，避免种植单一小麦品种，不单种具有垂直抗性的品种，应选种抗源类型不同的品种，减少病害的流行与蔓延。其次，在小麦拔节至孕穗期的病叶普遍率达2%-4%时，可以喷洒20%三唑酮乳油或者12.5%特谱唑可湿性粉剂1000-2000倍液、25%敌力脱乳油2000倍液。用12.5%特谱唑可湿性粉剂20-35g，兑水50-80L后喷施，既能防治小麦条锈病，还可以防治叶枯病和纹枯病。
此外，因地制宜地选用抗病品种，做到抗源布局合理及品种定期轮换。适期播种，适当晚播，不要过早，可减轻秋苗期条锈病发生。小麦施足堆肥或腐熟有机肥，增施磷钾肥，搞好氮磷钾合理搭配，增强小麦抗病力。合理灌溉，雨后注意开沟排水，降低田间湿度。后期，发病重的需适当灌水，减少产量损失。
在小麦种子播种时，先用种子重量0.2％的15％三唑酮可湿性粉剂，或12.5％烯唑醇乳油拌种，或用种子重量0.1％～0.15％的2％烯唑醇湿拌种剂拌种。在小麦条锈病发病初期喷施药剂防治，药剂可用：20％三唑酮乳油1500倍液，或12.5％烯唑醇乳油1500倍液，或25％敌力脱乳油2000倍液、或15%粉锈宁可湿性粉剂。