胡萝卜肉质根多发生纵向开裂，深达心柱。开裂后的肉质根不仅影响商品质量，而且易腐烂，不耐贮藏。肉质根开裂主要与土壤水分供应不匀有关。干旱时肉质根周皮层木质化程度增加，硬度增加，此时突然浇大水，肉质根内部剧烈膨胀，而周皮层不能相应胀大，导致破裂。此外，收获过迟也会加剧裂根现象。
萝卜根腐病，也称黑腐病，是由干早、土壤水分供应不匀引起的。病菌是一种细菌，在种子、种株及土壤中的病残体上越冬，是第２年的侵染来源。病菌通过昆虫、降雨、灌水等途径，由伤口、裂口和叶缘水孔侵入危害。高温高湿有利于发病。如早播多雨，地热低洼，灌水过多均易发病。所以应轮作换茬，彻底防治害虫，注意雨季排水，使之减少发病机会。