棉花枯萎病的发生与流行主要受品种抗病性、气候条件、栽培措施和耕作制度的影响。该病的发生与温湿度密切相关,地温20℃左右开始出现症状,25~28℃为发病高峰,高于33℃时病菌受抑或暂时隐症,秋季地温降至25℃左右时会出现第二次发病高峰。夏季大雨或暴雨后地温下降易发病。地势低洼、土壤粘重、偏碱、排水不良、偏施或过施氮肥、施用未充分腐熟带菌的有机肥以及根结线虫多的棉田发病重。