控制好叶瘟发生的前提下，用药剂对茎瘟进行预防。常见病害有枯萎病、白粉病、叶斑病、灰霉病、锈病和花叶病等。防止水稻穗茎瘟的措施包括选用抗病品种、拌种、倒茬轮作和加强管理。防治水稻穗颈瘟的特效药有噻菌灵、三环唑、富士1号、稻瘟灵等。通常在始穗前20天，可撒施8%噻菌灵颗粒剂，每亩用量为2公斤，拌细砂后进行撒施。选择优良品种种植时要选用抗性好的优质高产组合品种，一般连续种植几年后。
