枯萎病在整个生长期均能发生，以开花结瓜期发病最多。苗期发病时茎基部变褐缢缩、萎蔫碎倒。幼苗受害早时，出土前就可造成腐烂，或出苗不久子叶就会出现失水状，萎蔫下垂。成株发病时，初期受害植株表现为部分叶片或植株的一侧叶片，中午萎蔫下垂，似缺水状，但早晚恢复，数天后不能再恢复而萎蔫枯死。主蔓茎基部纵裂，撕开根茎病部，维管束变黄褐到黑褐色并向上延伸。潮湿时，茎基部半边茎皮纵裂，常有树脂状胶质溢出，上有粉红色霉状物，最后病部变成丝麻状。一般在育苗的中后期发病，主要危害幼苗或地下根茎基部部，初期在下胚轴或茎基部出现近圆形或不规则形的暗褐色斑，病部向里凹陷，扩展后围绕一圈致使茎部萎缩干枯，造成地上部叶片变黄，最后幼苗死亡，但不倒伏。根部受害多在近地表根颈处，皮层变褐或腐烂。在苗床内，发病初期零星瓜苗白天萎蔫，夜间恢复，经数日反复后，病株萎蔫枯死，病部具轮纹或稀疏的淡褐色蛛丝状霉，且病程进展较慢。