小麦赤霉病防控要坚持主动出击、见花打药的原则，在小麦齐穗至扬花初期进行全面喷药预防，之后5天~7天再次喷药预防，最大限度减轻病害发生程度。防治关键在于抓住时机+足量用药+足量用水+二次用药。防治时机为抽穗至扬花初期、降雨前6-24小时+5-7天后再次防治，其次为雨停后24小时内最晚36小时或雨间歇期间喷药+5-7天后二次用药。适用于防治小麦赤霉病的药有氰烯菌酯、多菌灵、甲基硫菌灵、咪鲜胺.戊唑醇、烯肟菌酯等喷雾防治。
农业防治方面，应选用抗病、耐病品种，适时早播，避开扬花期遇雨。合理施肥，增施底肥，氮磷配合，追肥早施、少施，提高植株抗病力。雨后及时排水，降低田间湿度。深耕灭茬，秸秆过腹还田或堆沤后施用。
小麦赤霉病防治要晴天见花打；阴天见穗打；雨天抢前打。掌握见花就打的原则，田间有小麦扬花初期就可以用药防治，用药时间便于掌握，而且防治效果好。